1200. aasta paiku kuulusid Juuru alad Harju maakonna Loone muinaskihelkonda. Taanlaste vallutuse järel moodustati Lõuna-Harjumaal suur Hageri kihelkond. Ristikogudus rajati Juuru 1238. aastal. Samaaegselt või aasta, paar hiljem ehitati muistse Juuru küla juurde kirik ja moodustati Juuru kihelkond. Esimene kirik oli arvatavasti puust ja hävis varsti.
13. sajandi viimasel veerandil rajati esimene kivikirik. See oli tornita, ühelööviline ja võlvideta kivihoone. Sellist kirikutüüpi seostatakse tsistertslaste orduga. 1287. aastal mainitakse Tallinna naistsistertslaste Mihkli kloostrile kuulunud maavaldusi Juuru kihelkonnas Kaius ja Kuimetsas. Kiriku patrooniks oli 14. sajandini II pooleni Taani kuningas.
Algselt oli Juuru kirik pühitsetud Pühale Jürile. Järgnevaltel sajanditel sai aga kiriku kaitsepühakuks peaingel Miikael (rahvapäraselt Mihkel). Kuna peaingel Miikael oli ka tsistertslaste nunnakloostri kaitsepühak, siis on tõenäoline, et Juuru kiriku kaitsepühaku ümbervahetamine oli taktikaliselt ettekavandatud.
15. sajandil valmis kivikiriku kooriruumi hilisgootikas võlvlagi, mida ehib eriti madalalt algav ja väga kõrgele ulatuv ristvõlv. Pikihoone aga jäi võlvimata. 14. märtsil 1498. aastal (vkj.) pühitses Tallinna piiskop Nicolaus Rottendorf ümberehitatud kiriku ning Maarja, apostel Andrease ja peaingel Miikaeli altari. Samast ajast pärineb arvatavasti ka kiriku idaseinas asuv sakramendinišš.
